１） ゲノムシーケンス解析の内容
NGSによる全ゲノム解析、RNA-Seq解析、全エクソン解析（WES）など短鎖シーケンサーによりゲノム受託解析を行なっております。今後、ロングリードシーケンシング解析の受託解析も行なっていく予定です。
カタログは、こちらからご覧頂けます。
ご依頼などのお問い合わせに対して最新の情報をもとにお答えいたします。
お問い合わせは、メールあるいはお電話でご連絡ください。
| 連絡先 | mail: techservice@haplopharma.com TEL: 022-272-2275 |
２） 受託解析のサービスの流れ
お客様から、解析依頼書をお送りいただき、当社で解析をお受けできるようになった場合には、実際のサンプルをお送りいただきます。下記のゲノムシーケンス解析を行い、その結果を通常は、いわゆる完全初期化したキーロック付きのハードディスクにて解析結果のデータをご返送いたします。
特別なご要望がありましたら、事前にご相談いただければ幸いです。
また、ライブラリー作成の場合にはその結果のQCの報告書、ゲノムシーケンス解析の際のデータのQC結果も含め、当社の標準的な報告書をお納めしております。
詳細は、‘ゲノムシーケンス解析サービス’ページの図:‘シーケンシング解析サービスのご提供のフロー’、および、‘シーケンシング解析のフロー’ をご参照ください。
３） 当社の解析の特徴
当社は東北大学 東北メディカル・メガバンク機構の解析技術をもとにして大規模なNGSによる全ゲノム解析を進めてまいりましたので、ヒトの全ゲノム解析、健常人、患者様の大規模な全ゲノム解析については、2023年4月現在、2万検体近くの豊富な実績があります。
ヒト以外の生物種に対しても解析を行なっておりますので、サンプル数の大小にかかわらず、データ処理まで安心してご依頼いただくことが可能です。
解析対象：ヒト、ヒト以外の生物種
４） 解析機種の選択
当社のシーケンシング装置は下記の通りですが、その中から、ご希望のシーケンサーをお選びいただき、ご要望に応じて解析することになります。解析費用は機種毎に異なりますのでご注意ください。現在、当社は下記のシーケンサーを用いた受託解析を行なっております。
イルミナ社 NovaSeq 6000、NovaSeq X plus（来年以降）
MGI社 DNBSEQ-T7、DNBSEQ-G400
これらのシーケンサーは東北大学の敷地内の国内のラボにあり、国内屈指の厳しい管理のもとで解析しておりますので、安心してご依頼いただくことが可能です。
５） 受託解析のアプリケーションと納期、費用
お選びいただいくシーケンサーの機種、また受託サービスアプリケーション、ご依頼いただく検体数、によって、またその中でも解析条件が異なりますと解析費用も異なります。
当社のゲノム解析の通常の基準では、リード長は、インデックスのタイプ(8bp, 10bp)に応じて、PE150以上(PE159~161)です。
その他のリード長をご希望の場合はフローセル占有シーケンスにて承ります。
全ゲノム解析（WGS）
RNA-Seq
全エクソン解析（WES）
その他 (ロングリード解析、イルミナ コンプリート ロングリード解析: ICLR、BGI社 Stereo-seq: STOmics)
納期は通常は1.5ヶ月ですが、解析をお受けする時期、解析のサービスアプリケーション、検体数、解析の深度、情報解析の有無などによって納期も変わってまいります。
少数検体での解析をご希望のお客様には、価格があまりに高くならない‘相乗りシーケンス’でのご依頼も受け付けております。また、通常は当社がお渡しする解析深度は30xで、データ量としては1検体あたり90Gbですが、コスト重視のお客様向けにご希望により平均の1検体あたりで90Gbという形でもご依頼、あるいはより浅い深度10xも可能です。コストはかかりますが、かなり深い深度150 x、240 xなどでのご依頼をいただくことも可能です。
通常はライブラリー作成からのご依頼が標準ですが、調製済みライブラリーのレーン占有シーケンスのご依頼も受け付けております。検体数が多く、かつシーケンス費用総額を小さく行いたいお客様には向いているかと思います。この場合、ライブラリー作成済みのサンプルをご送付頂く前に、ライブラリー濃度やキット情報、インデックス情報などの事前確認が必要になります。
ライブラリーのQCにも依存するため、シーケンスの際のデータ量の保証は通常とは異なる扱いとなります。
最大限の注意を払いつつ解析を行い、途中の結果を見ながら、お客様のご意向に沿ったシーケンス作業を進めております。
６） ご利用にあたっての当社からお客様へのお願い
・個人情報保護の観点から、ヒトの検体の場合には、当社へのご依頼の場合には、お客様のご所属の機関による倫理委員会の承認が必要です。
・当社にお渡しいただいたサンプルの品質が当社の解析基準に満たない場合には、解析の進め方についてご希望に添えない場合もあります。何卒ご承知いただきたく思います。
・また、当社が解析結果を入れてお渡しする際に利用する情報基盤、あるいはキーロック付きのハードディスクなど、お客様が別のゲノムデータを万が一にも復元しないよう通常利用の範囲にお留めいただくことをお願いしております。
７）研究用途
現在のところ、当社の解析は研究用途限定（RUO: research use only）となります。
研究用途以外のご利用の場合も、他の受託会社との連携も可能ですのでご相談ください。