バイオマーカー、EG法、SNPの技術

EG法のキーポイント

• マイクロアレイを基盤とした前駆体RNAを用いたSNPの解析
• EAIとそれに関連するSNPの同時解析
• 高精度な新規マイクロアレイ解析

これらの技術の組み合わせにより、一試料内の両アレルにおける個々の遺伝子発現変動をゲノムワイドに検出することが可能です。また、その薬剤応答性遺伝子発現の遺伝子型と臨床情報との関連を見出すための複雑な統計解析を必要とせず、少数の臨床検体数で相関性を検討することが可能です。

効率的な探索が可能

EG法の技術により、エクソン、イントロンすべての領域のSNPを探索することが可能です。多くの遺伝子で制御領域がイントロンに存在することも知られています。

遺伝子発現と相関するSNPを直接同定することによりバイオマーカーの効率的な探索が可能です。

少数の試料で解析が可能

EG法では一試料において両アレルごとに遺伝子発現解析とその発現に影響するSNPを検出するため、発現変動に関わるSNPの探索に多くの細胞株や複数の臨床検体を必要としません。

EG法は、同一試料内でアレル間の発現量を比較できるので、試料のロットや培養条件などの外因性の要因による影響を少なくすることができます。そのため、統計学的有意性を得るために必要な膨大な数の試料は必要としません。また、複雑な統計解析も必要としません。

EG法は、少数の試料で解析が可能なので、臨床研究の初期の段階においても実用的なバイオマーカーの探索が行えます。また、開発後期過程において、重篤な副作用の発症が観察された場合においても、EG法により同定した薬剤応答性SNPがあれば、この薬剤応答性SNPの情報を基に遺伝子型の患者を層別化し、開発を継続するなどの判断にも使えます。

なぜEG法は多くの臨床試料を必要としないのか？

従来の技術では、一試料を用いた遺伝子解析において、大多数存在する両アレルのそれぞれの遺伝子発現を区別することは不可能です。しかしEG法では一試料内の両アレルの遺伝子発現を区別して網羅的に遺伝子発現に関するアレル間の差を検出することが可能です。

これにより、薬剤応答性に違いのある個々の遺伝子型を明らかにでき、どの遺伝子型が重要な意味をもつかを調べることができます。また、一試料の薬剤応答性の遺伝子型とその発現量の解析を同時に行えるため、外因性の要因による影響を少なくすることができます。

従って、従来の実験手法に比べ、より再現性のあるデータを高精度に得ることが可能です。また、多数の試料を扱うことがないために複雑な統計解析も行う必要がありません。