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ハプロタイプ Haplotype
生物の単一の染色体上の遺伝的な並び（DNA配列）のことである。
二倍体生物では、各遺伝子座位にある対立遺伝子のいずれか一方の並びを指す。つまり片親由来の遺伝子の並びがハプロタイプである。
また、同一染色体上で遺伝的に連鎖している多型（SNPsなど）の組合せについてもハプロタイプという呼称が用いられる。
ハプロタイプ情報は疾病や薬剤応答性の遺伝的な要因を調べるのに有用であり、現在、ハプロタイプ情報蓄積のための国際プロジェクト「International HapMap Project」が進行中である。
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